教育病院
藤田医科大学病院（第１教育病院）
藤田医科大学に隣接する藤田医科大学病院は、一つの医療施設としては国内最多のベッド数（1,376床）を誇り、高度な医療を提供する特定機能病院です。教室との「近さ」を活かして、どの学科でも多くの実習をこの病院でおこない、医療職の先輩や患者さんとともに時間を過ごす中で、リアルな医療の現場を学びます。
藤田医科大学 ばんたね病院（第２教育病院）
名古屋の副都心・金山エリア近くに位置し、先進医療を提供する、都市型の総合病院です。現在、23診療科がありますが、各診療科の得意分野・専門分野をより系統的に活かせるセンター化を進めています。
藤田医科大学 七栗記念病院（第３教育病院）
三重県津市。緩和ケアと回復期リハビリテーションに特化したユニークな病院です。週7日間集中的にリハビリをおこなう「FITprogram」は、多大な成果をあげ高い注目を集めています。
藤田医科大学 岡崎医療センター（第４教育病院）
2020年4月開院の第４教育病院。愛知県岡崎市を拠点に、地上8階建て（病棟は7階まで）、22診療科、病床数400床を有し、24時間365日の救急医療と大学病院ならではの高度医療を提供します。ロボット支援手術システム「ダビンチ」や悪性腫瘍治療に有効な放射線機器（リニアック、PET‒CT）などの最先端機器が導入されています。
藤田医科大学 地域包括ケア中核センター
急性期医療からのスムーズな在宅ケア移行、質の高い在宅医療・介護・福祉サービスの提供、地域包括ケア人材の教育・育成を目指す、その第一段階として「居宅介護支援事業所」「訪問看護ステーション」を開所します。地域の医療・介護・福祉各施設等と協力連携し、人材不足の解消、ケア体制の充実、高品質な医療サービスの提供を実現します。また、今後の地域医療・介護における人材の教育・研究機関として、その成果を全国へ発信します。
藤田医科大学東京 先端医療研究センター
本施設では、次世代医療・研究の拠点としての役割だけでなく、「先端医療」「精密検診/検診」「活動長寿」の3つを柱に、大学病院の確かなエビデンスに基づいた健診システムの提供をはじめ、再生医療、がんゲノム医療、不妊治療、先進リハビリテーション等の先端医療を展開。医療における産学連携のJAPAN MODELの確立をめざします。
研究施設
研究推進本部
国際再生医療センター、がん医療研究センター、産官学連携推進センターなどを傘下とし、研究関係業務を一元化した研究推進のための機関です。最先端医療提供への橋渡しとなる臨床研究や開発研究、治験の実施や支援、公的研究費の申請支援・管理等を行い、「世界一独創的な研究拠点」をめざし、さまざまな研究を推進していきます。
腫瘍医学研究センター
医学の進歩により、がん患者さんの約半数は10年以上の生存が可能となりました。しかし、裏を返せばまだ半数の患者さんはがんで命を失っています。がんを克服し、予後を改善するには、新たな考え方に基づく診断や治療法を開発する必要があり、そのためには基礎研究が欠かせません。センターでは、がん細胞のあらゆる性質を見逃さないことを目標に、ゲノム解析、単細胞の遺伝子発現解析、タンパク質相互作用解析をはじめとする最先端の技術を用いた研究に取り組んでいます。具体的には、がん細胞やその周辺に存在する細胞の性質をプロファイリングし、解析技術によって「がんを制御できる標的分子」を特定。この標的分子を制御する手段を開発し、創薬や実臨床へ橋渡しすることをめざします。
国際再生医療センター
国際再生医療センターは、がんや感染症、神経難病(パーキンソン病など)、事故による神経外傷など有効な治療法が明らかになっていない難治性疾患に対する再生治療の開発拠点として2019年5月に開設しました。再生医療は、患者さん自身や他者の細胞を培養後、遺伝子導入などにより加工し、傷ついた組織や臓器を治療する医療です。センターには、日本有数の細胞培養加工施設セルプロセッシングセンター(Cell Processing Center:CPC)を設置。CPCを活用し、幹細胞やiPS細胞を用いた神経外傷の組織修復再生からCAR-T細胞(キメラ抗原レセプターT細胞)による新たながん免疫療法まで、難治性疾患の患者さんの希望となる革新的な治療法の開発に取り組んでいます。
精神・神経病態解明センター
研究技術が進歩した現在でも、情動、記憶・学習といった脳の基本原理については未解明な点が多く存在します。また、精神疾患(統合失調症、うつ病など)や神経疾患(アルツハイマー病、パーキンソン病など)の原因も未だよく分かっていません。それらの解明に向け2021年4月、ゲノム解析学、細胞生物学、神経生理学、神経化学、行動薬理学、ヒトイメージング、計算科学の7部門からなる本センターを設置。これらの研究室が協力し、脳と心の基本的原理の理解や精神・神経疾患の病態解明、新規治療法・新規技術の開発等、世界トップクラスの研究とともに将来を担う研究者の育成に取り組むことで、精神・神経疾患の克服をめざします。
感染症研究センター
本学は2020年2月、クルーズ船「ダイヤモンド・プリンセス」号の新型コロナ感染者を受け入れ、その後もこの取り組みで得た感染対策やゾーニング等の知見を広く公開し、検査法開発や治療薬の臨床研究にも着手するなど、最前線でウイルスと向き合ってきました。これらの経験と実績をもとに、本学を日本の感染症研究拠点の一つとすべく2021年10月に感染症研究センターが発足。現在、感染症の基礎研究から臨床研究までを一貫して行える体制づくりに取り組んでいます。今後は、増加する薬剤耐性菌に対抗するための創薬研究、微生物がヒトに病原性を惹起する過程を明らかにするための感染免疫の研究などを進め、そこから得られた知見やシーズを病院群での臨床研究に展開できる流れをつくっていきたいと考えています。
医科学研究センター
1972年の医学部創設とともに始まった総合医科学研究所は、2022年度より新たに医科学研究センターとなりました。研究推進本部・総合医科学研究部門に属する本研究センターは、５つの研究部門を持ち、基礎および臨床医学を包括した幅広い研究が行われています。医学部生は、在学中の学生研究を通じて、本研究センターを利用します。
病態モデル先端医学研究センター
医学、医療系大学には欠かせない疾患モデルに関する教育と研究をおこなう機関として設立され、全学の教員、大学院生および学部学生が研究を実施しています。
その他の教育施設
図書館
日々進化する医療技術。常に最新の情報にふれることができるよう、16万冊以上の蔵書と3千冊以上の学術雑誌を揃えています。また、館内には充分な閲覧スペースが用意されており、静かで落ち着いた雰囲気のなか、じっくりと知識を深めることができます。