2001年、藤田医科大学統合外科発足に伴い、消化器外科部門は「肝・脾外科」、「総合外科・膵臓外科」、「上部消化管外科」、「下部消化管外科」の4科の臓器別外科専門講座に分化されました。
2015年9月より効率的な診療体制の構築、迅速かつ安全な手術をはじめとする診療を提供すべく「総合消化器外科」として新しい診療体制に一本化されました。2017年4月からは研究、教育体制を整備し、優れた人材の育成、先進的医療および研究体制の向上を目的として、『総合消化器外科学』一講座として再編されました。

2021年4月より、先端的な手術手技や医療機器の開発を主眼とした先端ロボット・内視鏡手術学講座（宇山一朗主任教授）が開設されたことに伴い、当科は体制を刷新致しました。
主任教授・須田、上部消化管班長・柴崎、下部消化管班長・大塚、肝胆膵班長・高原、腫瘍班長・松岡、代謝栄養班長・田中の6名を中心に、当科が得意とするロボット手術を中心としたがんに対する低侵襲手術は元より、最新のがんゲノム医療やがん薬物治療、肝移植、腹部救急疾患への対応，周術期管理など多職種連携が不可欠な分野にこれまで以上に積極的に取り組み、専門性を高めつつ裾野を広げ、皆様により一層貢献できるよう全力を尽くします。