カーブフィッティング(gnuplot)
蛍光偏光解消法による解離定数算出に使用したスクリプト [ファイル]
理論式
\(f(x)=A_{\rm obs}=\frac{[{\rm D}]+[{\rm E}]+K_{\rm d}-\sqrt{([{\rm D}]+[{\rm E}]+K_{\rm d})^2-4[{\rm D}][{\rm E}]}}{2[{\rm D}]}\times(A_{\rm max}-A_{\rm min})+A_{\rm min}\)
［D]：（蛍光ラベル済）DNA濃度 (µM)、［E]：酵素濃度 (µM)、Aobs：測定した蛍光異方性、 Amin：100% 解離状態での蛍光異方性、Amax：100% 結合状態での蛍光異方性
＜手順＞
- 実験データをxlsで処理して、酵素濃度とanisotropy（と標準誤差）の値(セルの書式は指数)をcsv（カンマ区切り）で保存
- ./Analysis_FL_pol.sh ファイル.csv
＊ 初期値のDNA濃度は0.05 µMに設定。変更時は スクリプト実行時に --dna_conc=値 を付加
＊ （121203）OSXでは2回実行しないとpngが作成されない？
卒業研究指導中に必要になったシェルスクリプト
大量のテキストファイルから任意の一部分だけをぬき出すシェルスクリプト [ファイル]
- #!/bin/sh
- # アウトプットファイル名の入力 #
- echo "Input output name"
- read Out
- echo "$Out" > $Out.txt
- # ディレクトリのリストアップ ($10に注意！） #
- Diffusion="`ls -l ./ | awk '{print $10}'`"
- for D in $Diffusion
- do
- if [ -d $D ];
- then
- echo "$D" > orig.txt
- # サブディレクトリのリストアップ #
- Run="`ls -l ./$D/ | awk '{print $10}'`"
- for Runset in $Run
- do
- if [ -d ./$D/$Runset ];
- then
- # データの取り出し #
- Data="`awk '($2==4.00){print $41}' ./$D/$Runset/BaseConcSum.txt`"
- # データの書き出し #
- echo "$D $Data" > junk_$Runset.txt
- cat orig.txt junk_$Runset.txt > junk.txt
- cp junk.txt orig.txt
- rm junk_$Runset.txt
- rm junk.txt
- else
- continue
- fi
- done
- # データの整形 #
- awk -v ORS=' ' '1;END{printf"\n"}' orig.txt > orig_junk.txt
- cat $Out.txt orig_junk.txt > {$Out}_junk.txt
- cp {$Out}_junk.txt $Out.txt
- rm orig.txt
- rm orig_junk.txt
- else
- continue
- fi
- done
- rm {$Out}_junk.txt
(注意) gawk '{print $10}は"ls -l"での１０番目にファイル名がある場合
サブディレクトリにも存在する複数のファイル(*.txt)の文字置換スクリプト
- find ./* -type f -name '*.txt' | xargs perl -i.bak -pe 's/”前文字列”/”後文字列”/g'
or
- find ./* -type f -name '*.txt' -exec perl -i.bak -pe 's/”前文字列”/”後文字列”/g' {} \;
（注意）
{}の場所にはfindコマンドで探したファイル名が入る。
; はコマンドの終わりを表すが、find へ「;」をわたすためにエスケープしてある。
「{}」と「\」の間には必ずスペースを空けなくてはならない。
